东汉末年，最具标志性的反抗势力无疑是黄巾军。
历史上宗教与皇权往往一线之隔，不分彼此。
张角深谙人心，利用太平道的教义，在十年间成功吸引了大量信徒。他将这些信徒按地域划分为三十六方，即不同的组织分支，每方都有各自的统帅，人数从数千到上万不等。
由于黄巾军成员大多是生活困苦的百姓，他们缺乏武器和装备，甚至连统一的服装都难以凑齐。为了区分敌我，他们选择了用黄巾裹头，因此得名“黄巾军”。
公元183年，张角认为甲子年象征着新的天命到来，于是发布了起义口号：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”然而，即使有着强大的宗教凝聚力，起义军内部还是出现了叛徒。朝廷逮捕了黄巾军的情报头目马元义，并开始了对太平教信徒的搜捕。
眼看天机已泄，张角从“大贤良师”变成了“天公将军”，二弟张宝“地公将军，三弟张梁“人公将军”，张角一声令下，提前起兵，数十万部众响应，黄巾之乱爆发。
起义军初期势如破竹，攻占了包括幽州、冀州、南阳、颍川、汝南等多个地区，州郡官兵纷纷弃城而逃。
汉灵帝刘宏吓坏了，召回大舅子何进升为大将军，又命卢植皇甫嵩朱儁兵分三路讨伐黄巾军。
在皇甫嵩一通坑蒙拐骗从皇帝小金库那弄来军饷战马后，皇甫嵩朱儁出师兵分两路进击颍川，朱儁刚碰上黄巾军波才就被打得连连后退，皇甫嵩却孤军深入进驻颍川长社，波才旗开得胜，率军将皇甫嵩团团包围。
孤军深入已是犯了兵家大忌，皇甫嵩部将人心惶惶，觉得死定了，而皇甫嵩却觉得一堆泥腿子起义肯定不懂兵法谋略，登上城楼一看，顿时笑了，波才把营地扎在毛草地边上，一个火把过去不全烧了，当天夜里就派遣一支突击队策马直奔大营，又让部众鼓噪呐喊，制造大军合围之势，火海奔腾，黄巾军瞬间溃散，皇甫嵩带主力杀到，波才无心抵御仓皇逃窜。
而歼灭战已近尾声，一年轻小将率一支轻骑赶到了，他是得知皇甫嵩被围，拼了老命连夜过来救援，不料刚到人家就打完了，而这个小将名字叫曹操，官职骑都尉，还是一个名不经传的小人物。
曹操，皇甫嵩朱儁合兵一处，乘胜追击，大破黄巾，斩杀波才彭脱等数万人，皇甫嵩在打扫河南战场时，卢植也在河北连战连捷，击溃了张角亲自率领的黄巾主力，张角退守广宗。
大决战前夕，却来了一个太监，奉旨监军，卢植手下纷纷劝卢植给太监红包，否则肯定会搞事。但卢植何许人也，东汉末年一代大儒，为人正直，品行高洁，公孙瓒刘备都是他的学生，并且文武双全，带兵打仗也是一流，张角也被揍得鼻青脸肿。此等人物怎么会给太监行贿。
太监左等右等一个红包都没等到，一怒之下回了洛阳，对皇帝说“广宗那伙贼人，分分钟就灭掉了，卢植却不打，出工不出力，等着老天爷打雷把张角劈死”，智商不在线的皇帝大怒，一纸诏书，卢植就下了狱，拉回洛阳判处死刑。
卢植走了，仗得打下去，接任的就是鼎鼎大名的董卓，董卓常年在西北边陲跟羌胡打交道，一身武艺过人，打仗背着两箭囊，左右开弓，打得羌胡闻风丧胆。
怎么说也算是一名有能力的武将了，但董卓却掉链子了，广宗的张角打了两个月打不下，跑去捡软柿子曲阳的张宝捏，不然不好跟皇帝交代啊，结果又被张宝揍了，大败而归，皇帝大怒，董卓也进去大牢跟卢植作伴了。好在，皇帝喜欢大赦天下，卢植董卓在年底的时候才双双出狱。（小插曲：小说三国演义第一回，董卓是刘备三兄弟救下来的）
但此时前线又没人了，皇帝让皇甫嵩从河南调了过去统兵，而这时候，张角突发急病，没几天就撒手人寰，穷途末路的黄巾军，由张梁接过指挥继续抵抗；鏖战半年，官兵依旧不能取胜，但终究是一堆农民兵，冬日，皇甫嵩找到机会连夜集结兵马拂晓发动总攻，一战打到黄昏，黄巾军全线溃败，张梁战死，部众被杀被俘三万余。
皇甫嵩乘胜进攻剩下的张宝，斩杀张宝击杀或俘虏十万，破城后皇甫嵩找到张角棺椁开棺戮尸，拿着首级回京。
张家三兄弟败亡后，黄巾军主力基本荡平，虽然各地残部不少，动辄上万，但没了精神领袖，也是一堆乌合之众。